A parkolás a České Budějovice-i repülőtéren jelenleg ingyenes. A két parkoló összesen 900 gépkocsi befogadására alkalmas, ami a nyári szezonban bőségesen fedezi a fő forgalmat.
Fő parkoló
A nagy parkolót közvetlenül a főútról való lekanyarodás után találjuk.
A terminál irányában balra található, és 700 autónak kínál helyet.
A terminálhoz gyalogosan is el lehet jutni, vagy igénybe vehetjük a buszjáratot, amely legalább 15 percenként közlekedik az induló és érkező járatokkal együtt. A busz használata ingyenes.
Kisebb parkoló a terminálnál
A reptéri csarnoktól sétatávolságra található egy kisebb parkoló. Ez azonban csak 180 autó befogadására alkalmas, és főszezonban teljesen megtelt.